Dentro de una hermosa casona del centro histórico, el museo presenta tres colecciones al público
Colección Prehispánica: Un entierro relacionado con la cultura olmeca, localizado en las inmediaciones del patio de la casona con piezas de cerámica y osamentas humanas.
Colección de Mayólica y Talavera: Una colección restaurada de cerámica mayólica y talavera antigua de la época de la fundación de la ciudad recuperada durante la reconstrucción de la casa.
Colección Mixteco- Zapoteca. Una extraordinaria colección por primera vez exhibida, formada por cráneos humanos con deformación intencional, huesos largos, caracoles trompeta gigantes, jambas y dinteles de piedra caliza y otros objetos de la región Mixteco-Zapoteca de Oaxaca y Puebla, México.